Berlin 1961. Fielding Scott, ein in Ungnade gefallener britischer Spion, bekommt in Berlin die Chance, sich zu rehabilitieren. Fielding wird von Stuart-Hay, seinem Chef beim MI6, nach Berlin geschickt, um das Überlaufen eines ostdeutschen Wissenschaftlers zu organisieren. In Berlin begegnet er auch seiner französischen Geliebten Severine Bloch, die ein Doppelleben führt. Ein erst kürzlich vorgefallener Skandal um Fielding macht seine Mission nicht einfacher: Er hatte in Notwehr den britischen Agenten Simon Haldane getötet, der ihn bei der Übergabe eines Dokuments attackierte. Fielding und Severine lassen ihre leidenschaftliche Liebesaffäre wieder aufleben, und Severine bittet ihn um Hilfe: Sie sei auf der Suche nach einem ehemaligen SS-Offizier, der 1944 in Paris ihren Mann getötet habe und sich nun in der britischen Zone versteckt halten solle.

Fielding verspricht ihr seine volle Unterstützung. Elisa Hahn, Fieldings Sekretärin, verbringt den Großteil ihrer Zeit in Ostberlin bei ihrem Freund Reinhart, einem Studenten und politischen Unruhestifter. Elisa schafft es, Reinhart vor der Verhaftung zu bewahren, muss aber im Gegenzug für den Stasi-Führungsoffizier August Froben als Spitzel agieren. Fielding hat keine Ahnung, dass nun direkt im Büro nebenan ein Stasispitzel sitzt. Währenddessen wird auch Fieldings Zielperson, der bedeutende ostdeutsche Wissenschaftler mit dem Codenamen "Beethoven", von der Stasi aufmerksam beobachtet. Um der erdrückenden und immer bedrohlicher werdenden Überwachung der Stasi zu entgehen, entscheiden sich Severine und Fielding, "Beethoven" selbst aus dem Osten herauszuholen. Die Operation endet mit einem Fiasko: Sie finden den Wissenschaftler und seine Familie ermordet in seiner Wohnung. Fielding wird klar, dass sich der Verräter in den eigenen Reihen befinden muss. Zu seiner großen Beunruhigung deuten die Hinweise auch auf seine Geliebte Severine. Das tödliche Fiasko der "Beethoven"-Operation bleibt nicht ohne Folgen. Aldous Petrie, Fieldings Vorgesetzter in Berlin, setzt ihn nun unter Druck. Dennoch beauftragt er Fielding, den Maulwurf zu finden und zu eliminieren. Elisa arbeitet an einem Fluchtplan für sich und ihren Freund Reinhart. In Fieldings Büro entdeckt sie eine Streichholzschachtel aus einer Hotelbar. Neugierig macht sie sich auf den Weg zum Hotel und findet dort eindeutige Beweise der heimlichen Rendezvous von Fielding und Severine - Beweise, mit denen sie erheblichen Druck auf ihren Chef ausüben kann.

Fielding trifft sich in Ostberlin mit der bekannten Fotografin Ulrike Farber, die gute Kontakte ins Verbrechermilieu hat. Sie unterstützt Fielding, den Mörder von Severines Ehemann ausfindig zu machen. Fieldings Freund Conrad Greer, ein CIA-Agent, arrangiert ein Treffen zwischen Fielding und Ahmed Dahar, einem libanesischen Informanten. Dahar will mit Fielding über Simon Haldane sprechen, den britischen Kollegen, den Fielding ein Jahr zuvor in Notwehr erschossen hatte und für dessen Tod er sich immer noch rechtfertigen muss. Dahar glaubt, dass der Tod von Haldane mit einem in Beirut aufgenommenen Foto zusammenhänge, das sich in dem Umschlag befand, den Fielding damals übergeben hat. Ulrike Farber wiederum denkt, sie habe den Mann, den Severine sucht, ausfindig gemacht: Klaus Fiesler. Fielding gibt die Informationen an Severine weiter, doch er bleibt misstrauisch und beauftragt Ulrike, Fieslers Wohnung im Auge zu behalten. Ulrike beobachtet, wie Severine an dem Haus ankommt und Fiesler ermordet. Fielding ist fassungslos und stellt Severine zur Rede. Sie gesteht ihm, das Fiesler ein KGB-Agent gewesen sei und sie habe erpressen wollen. Deswegen habe sie ihn töten müssen. Severine gibt auch zu, dass sie Kontakt zu dem KGB-Offizier Lubkov habe - das alles nur, um den SS-Offizier zu finden, der ihren Mann getötet habe. Sein Name: Udo Hoff. Ist der Vorfall ein Hinweis darauf, dass Severine auch am Tod von "Beethoven" und dessen Familie beteiligt war? Severine streitet das vehement ab, doch Fielding bleibt misstrauisch.

Drei Folgen "Spy City" werden sonntags um 22.15 Uhr ausgestrahlt. Nach der TV-Ausstrahlung sind jeweils zwei Kurzfolgen "Spy City" in der ZDFmediathek abrufbar.