Die knuffigen New Yorker Zootiere, Löwe Alex, Zebra Marthy, Giraffe Melman und Nilpferd Gloria, haben genug Zeit in Afrika verbracht und wollen wieder zurück in ihren geliebten Zoo in New York. Mit Hilfe des technisch versierten Pinguin-Quartetts und Lemurenkönig Julien tritt die Truppe die Heimreise an und befindet plötzlich auf einer chaotischen Odyssee quer durch Europa. In Monte Carlo retten sich Alex & Co vor den Tierfängern in einen Wanderzirkus, doch auch dort sind die vier nicht wirklich willkommen. Dort müssen sie sich mit dem Personal arrangieren, insbesondere Alex und Löwe Vitali kommen nicht so gut miteinander aus. Sich tolle Nummern auszudenken und sie in der Mange zu präsentieren, scheint im Vergleich dazu eine leichte Übung zu sein.